میکروبیولوژی

تبریز ۱۵ لغایت ۱۷ شهریور ماه ۱۳۹۰

جهت اطلاعات بیشتر و ثبت نام به سایت زیر مراجعه کنید.

www.ismb.ir

 برای اطلاعات بیشتر به سایت زیر مراجعه بفرمایید

 www.kicm2011.ir

انگشت­نگاری DNA چیست؟

ساختمان شیمیایی همه DNA ها شبیه هم هست. تنها اختلاف، بین مردم، در ترتیب جف بازها هست. بیش از میلیون­ها جفت باز در DNA هر شخصی وجود دارد....

لطفآ نظر بدهید.

لطفآ نظر بدهید.

نشست‌هاي هم انديشي متخصصين علوم و فنون ميکربي ايران با حضور  به صورت فصلي با محورهاي زير برگزار مي‌گردد:

- بررسي راهکارهاي افزايش کيفيت آموزش در علوم و فنون ميکربي

- بررسي راهکارهاي افزايش کيفيت پژوهش در علوم و فنون ميکربي

- بررسي راهکارهاي ترويج و توسعه کارآفريني در علوم و فنون ميکربي

- بررسي راهکارهاي افزايش حمايت‌هاي صنفي از دانش آموختگان علوم و فنون ميکربي

جهت اطلاعات بیشتر و ثبت نام به سایت زیر مراجعه فرمایید:

 www.meeting.mcrc.ir

محل برگزاری دانشگاه تهران

http://conference.mcrc.ir/

جهت اطلاعات بیشتر به سایت زیر مراجعه کنید.  

iccm.mui.ac.ir

معرفی کارشناسی ارشد ویروس شناسی پزشکی        

فصل اول

رشته ويروس شناسي پزشكي

1- نام و تعريف رشته:

ويروس شناسي پزشكي در مقطع كارشناسي ارشد ناپيوسته Medical Virology (M.S)

رشته ويروس شناسي پزشكي شاخه اي از علوم پايه پزشكي است كه در آن دانشجويان طي دوره آموزش، ويژگي ويروس‌ها – تشخيص آزمايشگاهي بيماريهاي ويروسي – روش كنترل و پيشگيري از آنها را كسب مي‌نمايند تا توانايي انجام فعاليتهاي پژوهشي و تشخيصي و خدمات مربوطه را فرا گيرند

معرفی رشته زیست شناسی سلولی و مولکولی – گرایش ژنتیک

هدف:

سال ۱۹۷۳ وقتی به یاری علم ژنتیک اولین ژن “کلون” گردید شاید کمتر کسی فکر می کرد که بزودی این علم یکی از علوم راهبردی دنیا شود و حتی تا جایی گسترش بیابد که نشریه Science باسواد بودن را مساوی با اطلاع داشتن از دو علم کامپیوتر و ژنتیک بداند

معرفی كارشناسي ارشد انگل شناسی

فصل اول:  مشخصات كلي برنامه آموزشي دوره كارشناسي ارشد ناپيوسته

انگل شناسي

مقدمه:

باتوجه به جايگاه و اهميت بيماريهاي انگلي در ايران و لزوم فعاليت‌هاي آموزشي در رشته انگل‌شناسي پزشك و نياز به نيروي انساني كه عالم بر وضع موجود بوده و بتواند ضمن كمك در اجراي اين فعاليت‌ها نياز جامعه را در زمينه بررسي و تشخيص آزمايشگاهي بيماريهاي انگلي در حد اطلاعات و توانايي خود مرتفع نمايند، تربيت افرادي در مقطع كارشناسي ارشد براي رشته انگل شناسي در دانشگاهها و مؤسسات آموزشي عالي واحد شرايط از نظر اساتيد متخصص، فضاي آموزشي و وسايل، امكانات و تجهيزات لازم ضروري است.

مقدمه: زيست‌شناسي‌ سلولي‌ و مولكولي‌ داراي‌ 5 گرايش‌ ميكروبيولوژي‌ ، علوم‌ سلولي‌ و مولكولي‌، ژنتيك‌، بيوشيمي‌ و بيوفيزيك‌ است‌. گفتني‌ است‌ كه‌ گرايش‌ بيوشيمي‌ يا بيوفيزيك‌ تاكنون‌ در هيچ‌ دانشگاهي‌ در سطح‌ ليسانس‌ ارائه‌ نشده‌ است‌ در ضمن‌ تفاوت‌ محسوسي‌ بين‌ گرايش‌هاي‌ مختلف‌ اين‌ رشته‌ در مقطع‌ كارشناسي‌ وجود ندارد.گرايش‌ ژنتيك‌به طور كلي‌ دانش‌ ژنتيك‌ درباره‌ انتقال‌ صفات‌ وراثتي‌ از والدين‌ به‌ اولاد بحث‌ مي‌كند كه‌ البته‌ اين‌ والدين‌ مي‌توانند انسان‌، درخت‌ يا باكتري‌ باشند. در واقع‌ ژنتيك‌ تلاش‌ مي‌كند تا بگويد كه‌ چه‌ مكانيزم‌هاي‌ مولكولي‌، عامل‌ انتقال‌ صفات‌ از نسلي‌ به‌ نسل‌ ديگر هستند. همچنين‌ مي‌خواهد بداند كه‌ چرا گاهي‌ اوقات‌ در بين‌ والدين‌ و فرزندان‌ در برخي‌ صفات‌ تفاوت‌هاي‌ بسيار معني‌ داري‌ وجود دارد؟ در كل‌ دانشجويان‌ اين‌ گرايش‌ مباحث‌ مهمي‌ مثل‌ ژنتيك‌ سرطان‌، روش‌هاي‌ تشخيص‌ بيماري‌هاي‌ ژنتيكي‌ قبل‌ و بعد از تولد، شناخت‌ ناقلين‌ بيماري‌ها، اصول‌ مشاوره‌ ژنتيكي‌، نقش‌ ژنتيك‌ در بروز رفتارهاي‌ فردي‌ و اجتماعي‌، شناخت‌ جمعيت‌هاي‌ مختلف‌ ژنتيكي‌ و نژادهاي‌ انساني‌، ژن‌ درماني‌، پزشكي‌ قانوني‌، تكنيك‌هاي‌ رايج‌ در ژنتيك‌، روش‌هاي‌ اصلاح‌ نژاد و ژنتيك‌ مولكولي‌ را مطالعه‌ مي‌كنند.

شناسایی فاژها

محققان برای اولین بار در سال ۱۸۹۶ فاژها را شناسایی کردند. گروهی از آنان که روی رودخانه گنگ در هند تحقیق می‌کردند دریافتند که آب این رودخانه از شیوع باکتری مولد وبا جلوگیری می‌کند. حساسیت افرادی که از آب این رودخانه استفاده می‌کردند نسبت به بیماری وبا کمتر بود. از آنجا که جوشاندن آب این خاصیت را از بین می‌برد محققان نتیجه گرفتند که عامل ایجاد این خاصیت، یک موجود زنده‌است. تحقیقات بعدی نشان داد که احتمالاً این عامل، یک ویروس است. میکروب شناس کانادایی به نام فلیکس هرل آن را باکتریوفاژ نامید و تصمیم گرفت تا از آن در درمان بیماران در حال مرگ مبتلا به اسهال خونی استفاده کند. او با این شیوه توانست آنان را معالجه کند. این شیوه بعد‌ها فاژدرمانی نام گرفت. هرل بعد از این موفقیت اولیه به فاژدرمانی ادامه داد به نحوی که آوازه این درمان جدید همه جا پیچید و شرکت‌های دارویی شروع به تولید محصولات فاژی کردند. محصولات آنها به صورت خوراکی، جلدی یا تزریقی قابل مصرف بود. این محصولات برای درمان انواع بیماری‌های عفونی نظیر تیفوئید، وبا و عفونت‌های مجرای ادراری مورد استفاده قرار می‌گرفت.

فاژ درمانی

در سال ۱۹۲۸ کشف پنی سیلین توسط الکساندر فلمینگ باعث شد تا دو دهه بعد فاژها فراموش شوند. اما این فراموشی زیاد طول نکشید. استفاده وسیع آنتی بیوتیک‌ها و افزایش مقاومت به آنها پزشکان را مجبور کرد حتی برای عفونت‌های معمولی نیز آخرین نسل آنتی بیوتیک‌ها را تجویز کنند. این امر سبب شد تا توجه محققان دوباره به فاژدرمانی جلب شود. فاژدرمانی جذابیت‌های خود را دارد. برخلاف اکثر آنتی بیوتیک‌ها، فاژها اسلحه‌های هوشمندی هستند که اختصاصی عمل می‌کنند. فاژها در رشته‌های دمی خود آنزیمی به نام ادهزین دارند که فقط با مولکول‌های خاصی در سطح باکتری‌ها تعامل می‌کند. این مولکول‌های ویژه سطحی برای هرگونه از باکتری های اختصاصی هستند. این به آن مفهوم است که فاژها به باکتری‌های مفید روده آسیب کمی وارد می‌کنند در حالی که آنتی بیوتیک‌ها آنها را از بین می‌برند. به علاوه، فاژها خود محدودکننده هستند به نحوی که بعد از نابود کردن باکتری‌های مضر، خود نیز از بین می‌روند. آنها به خصوص برای عفونت‌های موضعی با منبع خونی کم، مانند عفونت‌های استخوان یا زخم‌های ناشی از دیابت مفید هستند. آنتی بیوتیک‌ها نمی‌توانند به این نواحی دسترسی پیدا کنند اما فاژها با تکثیر از طریق باکتری‌ها می‌توانند به نواحی عفونی عمقی نیز نفوذ کنند. به علاوه، تولید فاژها آسان و ارزان است، آلرژی را تحریک نمی‌کنند و اثرات جانبی کمی دارند. کارآمدی و اثرات جانبی کم فاژدرمانی سبب شده‌است که یکی از محققان بچه‌های خود را فقط با این شیوه درمان کند. البته، برخی محققان معتقدند که در این زمینه باید مطالعات بیشتری انجام شود.فاژها در مقابل مزایای بیان شده نقطه ضعف‌های خاص خود را دارند. ویژگی بالای آنها به این مفهوم است که بیماران به شدت بد حال مجبور خواهند بود ۴۸ ساعت منتظر بمانند تا عفونت باکتریایی شان مشخص شود و فاژ ویژه آن تجویز شود. محلولی که تجویز می‌شود حاوی مخلوط فاژهای مختلف است. برای مثال، پیوفاژ که برای درمان زخم‌های عفونی استفاده می‌شود حاوی فاژهایی است که سودوموناس‌ها، اشریشیاکلی‌ها، Asia jestemاسترپتوکوک‌ها و استافیلوکوک‌ها را مورد هدف قرار می‌دهد

دید کلی

میزبان ویروسها عبارت است از گونه‌هایی از میزبان که ویروس بتواند آنها را آلوده سازد. ویروسها فقط در درون گونه‌های خاصی تکثیر پیدا می‌کنند و از اینرو آنها را به سه گروه اصلی به نام ویروسهای جانوری ، ویروسهای گیاهی و ویروسهای باکتریایی یا باکتریوفاژها تقسیم می‌کنند. در هر رده هر نوع ویروس معمولا سلولهای گونه خاصی را می‌تواند آلوده سازد. میزبانهای خاص یک ویروس بوسیله نیاز لازم برای اتصال اختصاصی ویروس به سلول میزبان و در دسترس بودن عوامل میزبانی ضروری برای تکثیر ویروسها تعیین می‌گردد.
برای آلوده شدن میزبان بوسیله ویروس سطح خارجی ویروس باید با پذیرنده‌های اختصاصی سطح سلول میزبان واکنش نشان دهد. در برخی از باکتریوفاژها نقطه پذیرنده یک نوع ماده شیمیایی دیواره سلول میزبان است. باکتریوفاژها پس از تکثیر در داخل باکتریها ، آنها را لیز می‌کنند. بنابراین به نام باکتریوفاژ یا به اختصار فاژ (خورنده باکتری) معروفند. توضیح اینکه هر باکتریوفاژ در یک باکتری اختصاصی و مناسب خود رشد می‌کند. در طبیعت انواع مختلف باکتری و متناسب با آنها انواع مختلف فاژها وجود دارد.

تاریخچه کشف باکتریوفاژها

در سالهای 1915 و 1917 میلادی دو دانشمند به نامهای توورت و هرله در ضمن آزمایشات خود بطور اتفاقی به وجود این فاژها پی بردند. این دانشمندان ضمن رشد باکتریهای مختلف در محیطهای کشت مایع (مثل آبگوشت) متوجه مردن و یا لیز شدن خودبه‌خود باکتریها شدند. این دو دانشمند پس از مطالعات کوتاه مدت و با صاف نمودن این محیطهای حاوی فاژ توسط فیلترهای باکتریولوژی وجود این باکتریوفاژها را اثبات کردند.

مختصری از ویروس بدانیم

ویروسها کوچکترین میکروارگانیسمها هستند که با میکروسکوپ نوری قابل رویت نیستند. اندازه آنها بین 300 - 20 نانومتر متفاوت است و تنها با میکروسکوپ الکترونی قابل مشاهده‌اند. ویروسها پارازیتهای داخل سلولی‌اند که برای تکثیر به یک سلول زنده (یوکاریوت یا پروکاریوت ، سلول گیاهی یا پروتوزوئرها و یا قارچها و ... ) نیاز دارند. آنها فقط قادرند در سیستمهای زنده تکثیر پیدا کنند و در محیطهای کشت مصنوعی تکثیر نمی‌شوند. کلیه ویروسها فقط یک نوع اسید نوکلئیک دارند، یا DNA دارند و یا فقط RNA دارند. هر دو نوع اسید نوکلئیک در یک ویروس دیده نمی‌شود. به استثنای ویروسهای سرطانزا.

ویروسها پوشش پروتئینی محافظ اسید نوکلئیک به نام کپسید دارند که از واحدهایی به نام کپسومر تشکیل یافته‌ است. برخی ویروسها حاوی غلاف هستند که آن را از غشای میزبان گرفته‌اند. در هیچ یک از ویروسها سیستمهای انرژی‌زا نظیر میتوکندری و ریبوزوم وجود ندارد، لذا اجبارا پارازیت داخل سلولی‌اند. ویروسها به درجات حرارت بالا حساس بوده و خاصیت بیماریزای خود را از دست می‌دهند، ولی بالعکس به درجات حرارت پایین صفر (70- تا 196- درجه سانتیگراد) مقاومند و خاصیت بیماری‌زایی خود را حفظ می‌کنند. ویروسها به آنتی بیوتیکها حساس نیستند. در برخی از موارد یاد شده استثناهایی وجود دارد، مثلا ویروس هپاتیت B درجه حرارت جوش را نیز تحمل می‌کند.

تقسیم‌بندی فاژها

باکتریوفاژها را امروزه برحسب نوع جنس آنها در گروههای مختلف تقسیم‌بندی می‌کنند. باکتریوفاژها نیز نظیر سایر ویروسها از یک اسید نوکلئیک و کپسید تشکیل شده‌اند، ولی در بعضی از فاژها قسمتهای مختلف دیگری مثل دم ، غلاف روی دم ، پایه انتهایی و رشته‌های خار مانند نیز دیده می‌شود. امروزه باکتریوفاژها را برحسب نوع و شکل در 6 گروه تقسیم‌بندی می‌کنند.

فاژهای دم‌دار با غلاف کوتاه شونده

این دسته از فاژها شکل تیپیک فاژها را تشکیل می‌دهند و از سه قسمت کپسید (به‌عنوان سر) ، دم و پایه‌ای که در انتهای دم قرار دارد تشکیل شده‌اند. کپسید آنها 8 وجهی (ایکوزاهورال یا اکتاهورال) می‌باشد. داخل کپسید اسید نوکلئیک DNA دورشته‌ای قرار دارد. مثالهای این گروه از فاژها عبارتند از: فاژهای T₆ ، T₄، T₂ برای باکتری Ecoli و یا فاژهای P₁ و P₂ برای باکتری سالمونلا .

این دسته از فاژها در زمان حمله و نفوذ به درون باکتری مورد نظر با زواید خارمانندی که در انتهای دم خود دارند، بر روی باکتری‌ها می‌چسبند. سپس غلاف روی دم آنها منقبض می‌شود (جمع می‌شود) و مثل یک سرنگ عمل می‌کند، قسمت دم وارد دیواره باکتری شده و DNA موجود در داخل کپسید از داخل سوراخ وسط کانال دم عبور کرده و به داخل سیتوپلاسم باکتری وارد می‌شود. بقیه قسمتهای ویروس در بیرون از سلول باکتری باقی می‌ماند.

فاژهای دم‌دار با دم دراز بدون غلاف

این گروه دارای یک کپسید و یک دم دراز بدون غلاف هستند. شکل کپسید شبیه کپسید گروه اول است. در داخل آن اسید نوکلئیک DNA دو رشته‌ای وجود دارد. نحوه ورود اسید نوکلئیک این فاژها در زمان آلوده کردن باکتریها هنوز مشخص نشده است. این گروه از فاژها در طبیعت بسیار فراوانند و تقریبا برای تمامی انواع باکتریها از این فاژها مشخص شده است: مثل T₅ ، T₁ و فاژ لاندا.

فاژهای بادم کوتاه و بدون غلاف

کپسید این گروه نیز شبیه دو گروه اول بوده ولی دم آنها بسیار کوتاه است. برخی از فاژهای موجود در این گروه در انتهای خود فقط دارای یک زایده کوچک هستند، یعنی طول دم در این فاژها از طول کپسید به مراتب کوتاهتر است. اسید نوکلئیک آنها DNA دورشته‌ای است. فاژ T₇ ، T₃ برای Ecoli و فاژ P₂₂ برای باکتری سالمونلا در این گروه هستند.

باکتریوفاژهای بی‌دم با کپسومر بزرگ

در این فاژها بطور کلی دم و زواید آن وجود ندارد و تنها از کپسید تشکیل یافته‌اند. اسید نوکلئیک آن DNA تک‌رشته‌ای است و این ویروس‌ها تقریبا کوچکند به کوچکی ویروس فلج‌ اطفال یعنی 25 نانومتر. کپسومرهای آن بزرگند. مثال آن M₂₀ و S₁₃ برای باکتری Ecoli است.

باکتریوفاژهای بی‌دم با کپسومر کوچک

کپسید این فاژها ، هم 8 وجهی بوده، هم کوچک است و ساختمان خیلی ساده دارد که از 92 کپسومر تشکیل شده ‌است که یکی از این کپسومرها بزرگتر از بقیه بوده و در یک گوشه کپسید می‌باشد و احتمال می‌دهند که این کپسومر بزرگ نقش چسبیدن فاژ را به باکتری بازی می‌کند. این گروه از فاژها دو ویژگی مهم دارند اول اینکه اسید نوکلئیک داخل کپسید آنها از RNA تک‌رشته‌ای تشکیل شده‌است و دوم اینکه این دسته از فاژها فقط باکتریهای مذکر یا دنور را آلوده می‌کنند و به کناره‌های پیلوسهای جنسی می‌چسبند. مانند فاژهای FR ، MS₂ ، F₂ برای Ecoli.

فاژهای میله مانند یا فیلامانتوز

برخلاف بقیه فاژها این دسته از فاژها ساختمانی شبیه به کپسید ندارند و به صورت میله مانند دیده می‌شوند. در داخل ساختمان این گروه از فاژها اسید نوکلئیکDNA تک‌رشته‌ای وجود دارد. این گروه نیز همانند گروه پنجم فقط باکتریهای مذکر را آلوده می‌کنند و به قسمت نوک و انتهای پیلوسهای جنسی می‌چسبند، مثل فاژ fd ، M₁₃ ، F₁ برای Ecoli.

سیکل‌های حیاتی

فاژها در حالت کلی دو سیکل حیاتی لیتیک و لیزوژنیک دارند.

سیکل حیاتی لیتیک

در سیکل حیاتی لیتیک فاژها پس از ورود به داخل باکتری حساس به‌خود تکثیر یافته و همانندسازی می‌کنند و باکتری را در نهایت لیز می‌کنند. لیز شدن باکتری بدین صورت انجام می‌گیرد که از طرف ژنوم فاژیک پروتئین لیزکننده سنتز می‌شود و این پروتئین دیواره باکتری را از داخل از بین می‌برد و دیواره را متلاشی می‌کند. لذا فاژهای تشکیل یافته جدید بیرون می‌ریزند که در این حالت به آنها progeny phage گویند که در تماس با باکتری جدید به آن می‌چسبند. و این سیکل دوباره تکرار می‌شود.

سیکل حیاتی لیزوژنیک

بعضی از فاژها بصورت temprator زندگی می‌کنند و بعد از ورود به باکتری رشد و تکثیر نمی‌یابند و باکتری را لیز نمی‌کنند. بدین صورت که ژنوم فاژ وارد شده به داخل باکتری به ژنوم باکتری چسبیده و ادغام می‌شود و همراه ژنوم باکتری با Replicationکروموزوم باکتری تقسیم شده و به نسلهای بعدی نیز منتقل می‌شود. اسید نوکلئیک فاژ که با این مکانیزم به نسل‌های بعدی منتقل می‌شود، به‌ نام پروفاژ معروف است و به این عمل نیز عمل لیزوژنیک گویند.

باکتریهایی که در ژنوم خود یک ژنوم فاژ را حمل می‌کنند، معمولا به آلودگی‌های بعدی توسط فاژها مقاومند. این عمل لیزوژنی به بعضی از باکتریها خواص پاتوژنی می‌دهد و یا در عده‌ای دیگر مثلا در باسیل دیفتری و استرپتوکوک اعمال سنتز توکسینهای مختلف باکتری توسط پروفاژ موجود در کروموزوم آن انجام می‌شود. این پروفاژ موجود در کروموزوم باکتری به علل مختلف می‌تواند از کروموزوم جدا شده و وارد مرحله لیتیک شود، در این صورت تکثیر یافته و باکتری را لیز می‌کند.

مراحل ورود و تکثیر فاژها

مرحله تماس و یا جذب فاژ بر روی سلول باکتری

در فاژهای دم‌دار زواید دم در چسبیدن فاژ بر روی سلول باکتری نقش دارند. البته فعالیت لیزوزومها برای بوجود آوردن سوراخ یا نقطه‌ای در روی دیواره باکتری نیز ضروری است. در فاژهای بی‌دم بعضی از کپسومرهای موجود در روی کپسید فاژ این عمل را انجام می‌دهند. برای انجام عمل جذب در محیط حاوی باکتری و فاژ اختصاصی آن وجود املاحی نظیر کلرید سدیم یا کلرید کلسیم الزامی است.

مرحله ورود فاژ به داخل باکتری

در فاژهای گروه اول اسید نوکلئیک داخل کپسید با کوتاه شدن غلاف روی دم و ورود قسمتی از دم به دیواره باکتری ، از راه کانال دم وارد باکتری می‌شود. برخلاف ویروس‌های انسانی و حیوانی فقط اسید نوکلئیک وارد شده و بقیه زواید در بیرون از سلول باکتری باقی می‌مانند. یعنی مرحله uncoating در تکثیر سایر ویروس‌ها یعنی خروج اسید نوکلئیک از کپسید در فاژها ضمن ورود آنها به داخل باکتری صورت می‌گیرد.

کاربرد های میکروبیولوژی در صنعت نفت

در ارتبط با کاربرد میکروبیولوژی در صنعت نفت می توان دو جنبه را مد نظر قرار داد:
۱- ارتقای کمی: نمونه بارز آن روش (microbial enhanced oil recovery ) یا MEOR است.
۲- ارتقای کیفی: مانند حذف هسته و اتمهای گوگرد و نیتروژن

استفاده از MEOR در ازدیاد برداشت از مخازن نفت
در طبیعت چاه های نفتی وجود دارد که به علت تزریق آب، دیگر قادر به تولید نفت نیستند و یا به اصطلاح غرقاب شده اند و همچنین چاه هایی وجود دارند که به دلیل رسوب ترکیبات آلی و معدنی مسدود شده اند، لذا بعد از استخراج اولیه و ثانویه نفت، قسمت اعظم آن حدود ۸۰% در چاه ها باقی می ماند، لذا روشهای مختلفی به منظور استخراج مابقی نفت به وجود آمده است که عبارتند از:
۱- تزریق فرم و آلیاژهای پلیمری
۲- روش حرارتی
۳- تزریق آب
۴- تزریق گاز
۵- استفاده از مواد شیمیایی کاهش دهنده نیروی کشش سطحی
۶- روش MEOR

روش MEOR
روشی است که در آن بوسیله میکروب های مخصوص و مشخص میزان نفت استخراجی از چاه ها را افزایش می دهند.
میکروب ها به سه طریق می توانند باعث ازدیاد برداشت از مخازن نفتی شوند:
۱- با اکسیداسیون نفت، اسید چربی تولید می کنند که باعث کاهش گرانروی نفت میگردد.
۲- با تولید مقادیر نسبی از گاز CO2، باعث افزایش فشار در مخزن می گردند. از این رو مانند تزریق گاز عمل می کنند.
۳- میکروب ها با بوجود آوردن بیومس میان سنگ و نفت مخزن باعث جابجایی فیزیکی نفت می شوند.

شرایط فیزیکی نفت مثل دما، فشار، نمک و …
عامل محدود کننده استفاده از MEOR است. از آنجا که شرایط فیزیکی چاه های نفت با هم فرق می کنند، نمی توان برای همه آنها از یک نوع میکرو ارگانیسم استفاده کرد. مثلا در چاه های کم عمق، کار به روش MEOR به دلیل دمای کمتر نسبت به چاههای عمیق که دمای بالا دارند بیشتر است. در چاه های عمیق مثل کشور ما باید از میکروارگانیسم های گرمادوست استفاده گردد. روش MEOR بطور چشمگیری محدود به دمای حداکثر ۸۰ درجه است.

خصوصیات باکتریهای مورد استفاده در روش MEOR
1- کوچک باشد.
۲- قادر به تحمل شرایط محیطی چاه باشد.
۳- رشد سریعی داشته باشد و از تحرک لازم در داخل چاه برخوردار باشد.
۴- بتوانند مواد ضد میکروبی و ضد خوردگی را تحمل کنند.
۵- بری رشد به مواد مغذی پیچیده ای نیاز نداشته باشند.

انواع باکتریهای مورد استفاده در MEOR
سودوموناس، میکروکوکوس، کلستریدیوم، انتروباکتریاسه، اشرشیاکلی، مایکوباکتریوم، لوکونوستوک، باسیلوس لینکنی فرمیس.
آلودگی نفتی یکی از خطرات جدی تهدید کننده محیط زیست و موجودات زنده است. حل این معظل زیست محیطی به طرق گوناگون از دیرباز مورد توجه پژوهندگان علوم زیستی بوده است. یکی از روشهای جدید برای رفع این آلودگی ها استفاده از باکتری های نفت خوار است، که در کشور ما نیز این باکتریها توسط دکتر غلامحسین ابراهیمی پور جداسازی شده اند. طبق گفته ایشان این باکتری ها قادرند مواد ترکیبات نفتی را تا ۱۰۰% به بیومس میکروبی و گازکربنیک تبدیل کنند. در صورتیکه بهترین سویه های جدا شده در آلمان تنها ۸۰% قادرند این کار را انجام دهند. یکی از عمده ترین آلاینده های آب دریا کشتی های نفتکش هستند. این کشتی ها معمولا پس از تخلیه محموله نفتی خود، در بنادر مقصد مخزن خود را تا حدی با آب دریا پر می کنند. بارگیری این آب که معمولا آب توازن نامیده می شود، برای حفظ تعادل کشتی در مسیر بازگشت به بنادر مبدا ضروری است. نکته مهم اینجاست که این نفتکش ها پس از رسیدن به بنادر مبدا، قبل از بارگیری دوباره نفت، آب توازن خود را در دریا تخلیه می کنند که همین امر موجب می شود تا مقادیر بسیار زیادی نفت خام نیز وارد آب دریا شود. در صورتیکه اگر باکتری های نفت خوار، به آب توازن نفتکش ها اضافه شوند، قبل از تخلیه آب توازن نفت موجود در آن به بیومس میکروبی تبدیل شده و به این ترتیب نه تنها دریا را آلوده نمی کند بلکه بیومس میکروبی آن مورد تغذیه آبزیان نیز قرار می گیرد.

پروبیوتیک ها مکمل های غذایی هستند که بر میزبان تاثیرات سودمندی دارند و به تعادل فلور میکروبی روده کمک می کنند. از مهم ترین پروبیوتیک ها می توان به لاکتوباسیلوس ها و بیفیدوباکتریوم ها اشاره کرد. لاکتو باسیلوسها گرم مثبت ، فاقد اسپور ، کاتالاز منفی و متعلق به خانوادهlactobacillaceae  می باشند و تقریبا 56 گونه از این باکتری مورد شناسایی قرار گرفته است. این باکتری ها جزء فلور نرمال روده ، دستگاه تناسلی زنان و دهان می باشند. و همچنین در مواد لبنی ، گوشت و سطح برگ گیاهان نیز یافت می شوند. محیط کشت اختصاصی برای لاکتوباسیلوس ها محیط MRS است. جنس بیفیدوباکتریوم از فراوانترین گونه هایی است که فلور طبیعی روده بزرگ انسان را تشکیل می دهد و حدود 25% باکتری های مدفوعی بزرگسالان و 80% باکتری های مدفوعی کودکان بیفیدوباکتریوم است. این باکتری غیر متحرک و غیر اسپور دار و کاتالاز منفی است. و این جنس داری 30 گونه است. آلودگی مواد غذایی و محیط از مهم ترین مشکلات بشر و عامل بیماریهای عمده ای از جمله  سرطان است. سرطان یکی از مهم ترین عوامل مرگ و میر در جوامع به شمار  می رود که عوامل متعددی از جمله شیمیایی ، پرتوی ، ویروسی و توارث در آن نقش دارند هر عملی که سبب حذف ، مهار و غیر فعال سازی  مواد موتاسیون زای ایجاد کننده سرطان شود ارزشمند است . به طور کلی مکانیسم هایی که باکتری های پروبیوتیک برای کاهش مواد موتاسیون زا و سرطان زا به کار می گیرند کاملا شناخته شده نیست.

رشته بیوتکنولوژی یک رشته کاربردی و میان رشته ای مهندسی علوم است که قلمرو آن حداقل ۳۳ حوزه تخصصی علوم را در برمی گیرد. این رشته در کشور ما از سال ۱۳۷۸ در دانشکده علوم دانشگاه تهران در مقطع دکترای پیوسته ارائه می شود.
این رشته از سه مرحله کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری تشکیل شده است که دانشجویان در مرحله کارشناسی پس از گذراندن موفقیت آمیز۱۳۲ واحد دروس مشترک معرفتی- نظری، علوم پایه، پزشکی، مهندسی و مبانی بیوتکنولوژی به اضافه آموختن زبان انگلیسی در حد ۵۵۰ نمره تافل و آشنایی کامل با یک زبان برنامه نویسی کامپیوتر در صورتی که معدل آنها در هر نیمسال تحصیلی ۱۵ باشد، می توانند وارد مرحله دوم یعنی مقطع کارشناسی ارشد شوند که در این مقطع یکی از ۶ گرایش بیوتکنولوژی میکروبی، بیوتکنولوژی پزشکی، بیوتکنولوژی محیطی و دریایی، بیوتکنولوژی مولکولی، فرآورش زیستی و بیوتکنولوژی کشاورزی (گیاهی) را انتخاب کرده و بعد از گذراندن ۴۸ واحد در یکی از گرایشهای تخصصی، و انجام معادل ۶ واحد پژوهشهای انفرادی و ارائه ۲ واحد سمینار از مقطع کارشناسی ارشد فارغ التحصیل می شوند. در این مرحله در صورتی که میانگین نمرات دروس مقطع کارشناسی ارشد آنها حداقل ۱۶ باشد، می توانند در امتحان جامع شرکت کنند و در صورت موفقیت در این امتحان، وارد مرحله دکترای تخصصی (D.Ph ) خواهند شد و رسما برای ثبت پایان نامه دکتری اقدام کنند.
به عبارت دیگر دانشجویان این رشته نیز برای ورود به مقطع کارشناسی ارشد و دکتری باید شرایط لازم را داشته باشند، یعنی باید میانگین معادل بالایی داشته و در آزمون جامع موفق شوند اما در یک آزمون رقابتی شرکت نمی کنند.

توانایی های لازم:
رشته بیوتکنولوژی از بین داوطلبان گروه آزمایشی ریاضی فیزیک و علوم تجربی دانشجو می پذیرد چرا که بعضی از گرایشهای این رشته به علوم پزشکی و بعضی دیگر از گرایشها به رشته های مهندسی مربوط می شود.
گفتنی است که دوره دکترای مستقیم بیوتکنولوژی، دوره آموزشی خاصی است که مناسب با توانایی های دانشجویان سرآمد به صورت پیوسته و فشرده تنظیم شده است و با پذیرش دانشجویانی که از نظر بهره هوشی، قدرت درک و استدلال، توان نوآوری و خلاقیت، خودآموزی و استفاده مناسب از وقت، علاقه و انگیزه شدید به یادگیری و توانایی های ذهنی و روانی سرآمد همگنان خود هستند، آنان را برای اخذ درجه دکتری در این رشته آماده می کنند.
از همین رو نیمی از ظرفیت پذیرش این رشته به داوطلبانی اختصاص دارد که در مرحله ما قبل نهایی المپیادهای دانش آموزی ریاضی، فیزیک، شیمی، کامپیوتر و زیست شناسی پذیرفته شده باشند و نیمی دیگر نیز به داوطلبانی که از طریق آزمون سراسری وارد شده و نمره کل آزمون سراسری آنها از ۱۰۰۰۰ کمتر نباشد. برای مثال در اولین سال ارائه این رشته، آخرین رتبه قبولی ۱۷۳ و در سال دوم، آخرین رتبه قبولی ۱۵۰ بود.
در ضمن از پذیرفته شدگان این رشته، مصاحبه علمی به عمل می آیند تا دانشجویانی که واقعا علاقه مند بوده و انگیزه علمی لازم را دارند، وارد این رشته شوند.

موقعیت شغلی در ایران:
رشته بیوتکنولوژی، یک رشته جدید است و بی شک مدتی زمان خواهد برد تا فارغ التحصیلان آن، جایگاه واقعی خویش را پیدا کنند اما این به معنای آن نیست که موقعیت شغلی برای فارغ التحصیلان این رشته مهیا نمی باشد. چون زمینه کار بیوتکنولوژی در داخل کشور مساعد است و برای مثال در حال حاضر عده ای از دانشجویان دوره دکترای میکروبیولوژی که در زمینه بیوتکنولوژی میکروبی مطالعه می کنند، بر روی آبهای شور کشور مثل دریاچه ارومیه که امکان رشد موجودات در آن پیچیده و مشکل است، تحقیق می کنند تا با بهره گیری از تکنیک های بیوتکنولوژی، محیطی مناسب برای رشد موجودات دریایی در داخل آن فراهم آورند.
از سوی دیگر فارغ التحصیلان این رشته می توانند به عنوان نیروی انسانی متخصص برای مدیریت میانی و هدایت امور فنی خطوط تولید، مزارع و آزمایشگاهها مشغول به فعالیت شوند.

درسهای این رشته در طول تحصیل:

دروس مشترک بین گرایشهای مختلف بیوتکنولوژی:
روانشناسی عمومی، فلسفه عمومی، فلسفه هنر و زیبایی شناسی، فلسفه و روش شناسی علوم، تاریخ علم، روش تحقیق، مبانی منطق، منطق ریاضی، اصول مبانی مدیریت صنعتی، آشنایی با قرآن کریم، مبانی علم و حقوق و روابط بین الملل، اصول علم اقتصاد، ریاضی عمومی، آمار و احتمالات، محاسبات علمی عددی، شیمی عمومی، شیمی آلی، شیمی تجزیه، شیمی فیزیک، مکانیک، الکتریسیته و مغناطیس، موج و حرارت، فیزیک جدید، زیست شناسی عمومی، زیست شناسی سلولی،زیست شناسی مولکولی، ژنتیک عمومی، ژنتیک میکروارگانیسم ها، اصول مهندسی ژنتیک، میکروبیولوژی عمومی، میکروبیولوژی کاربردی، بیوشیمی ساختمانی، متابولیسم، روش های بیوشیمی و دستگاهها، ایمنی شناسی، زیست شناسی پرتوی، اصول مهندسی بیوشیمی، موازنه جرم و انرژی، مکانیک سیالات، انتقال حرات، انتقال جرم، مبانی بیوتکنولوژی پزشکی، مبانی بیوتکنولوژی مولکولی، مبانی بیوتکنولوژی کشاورزی، مبانی بیوتکنولوژی محیطی، مقررات زیست ایمنی.

دروس تخصصی گرایش بیوتکنولوژی پزشکی:
ایمونوژنتیک، ایمنی شناسی سلولی – مولکولی، ژنتیک پزشکی، متابولیت های میکروبی، فاراماکوژنتیک، فرآورده های نوترکیب، مهندسی ژنتیک پیشرفته، آنزیمولوژی.

دروس تخصصی گرایش بیوتکنولوژی محیطی و دریایی:
فروشوئی میکروبی، تصفیه بیولوژیکی فاضلابها، تصفیه بیولوژیکی آلاینده های خطرناک، آلودگی دریا و بیوتکنولوژی دریایی، پاکسازی زیستی، مدلسازی و شبیه سازی فرآیندها، معادلات دیفرانسیل، شیمی فیزیک، میکروبیولوژی محیطی.

دروس تخصصی گرایش بیوتکنولوژی مولکولی:
بیوفیزیک سلولی مولکولی، مهندسی ژنتیک پیشرفته، آنزیمولوژی، ساختمان و عمل پروتئین ها، ساختمان و عمل اسیدهای نوکلئیک، زیست شناسی مولکول پیشرفته، بیولوژی سلولی- مولکولی تکوینی، شیمی فیزیک.

دروس تخصصی گرایش بیوتکنولوژی مولکولی:
مهندسی واکنش های شیمیایی، فرآیندهای جداسازی، طراحی راکتورهای بیوشیمیایی(بیوراکتورها)، مبانی بیوتکنولوژی تخمیر، پدیده های انتقالی در سیستم های بیوشیمی، کنترل فرآیند، طرح و اقتصاد مهندسی، معادلات دیفرانسیل، شیمی فیزیک.

دروس تخصصی گرایش بیوتکنولوژی کشاورزی:
سیتوژنتیک(کلاسیک و نوین)، اصول اصلاح نباتات، اصلاح نباتات پیشرفته، کشت بافت گیاهی و کاربردهای آن، تعیین نقشه ژنی گیاهی(کلاسیک ونوین)، ژنتیک مولکولی گیاهی، روشهای نوین انتقال ژن به گیاهان، آفات و بیماریهای گیاهی، مهندسی ژنتیک پیشرفته.

دروس تخصصی گرایش بیوتکنولوژی میکروبی:
میکروبیولوژی محیطی، فیزیولوژی میکروارگانیسم ها، پدیده های تخمیری، پروتئین ها و پلی ساکاریدهای میکروبی، بیوتکنولوژی غذایی، بیوتکنولوژی آرکی باکترها، آنتی بیوتیکها، بیوتکنولوژی قارچ ها.

مقطع دکترای بیولوژی داروئی:

تعریف و اهداف

دوره دکتری (.Ph.D) رشته بیـوتکنولـوژی (گرایش داروئی)، بالاترین مقطع تحصیلی در این رشته می باشد که به اعطاء مدرک می‌انجامد و مجموعه‌ای هماهنگ از فعالیت‌های پژوهشی و آموزشی است که به منظور نیل به اهداف مشروحه زیر برقرار گردیده است:

الف : تربیت نیروی انسانی و متخصص و متبحر در رشته بیوتکنولوژی (گرایش داروئی) به منظور رفع نیازهای آموزشی و پژوهشی دانشکده‌های داروسازی و مراکز پژوهشی کشور.

ب : تربیت نیروی انسانی متخصص و مجرب برای صنایع داروسازی کشور جهت تولید و کنترل مواد اولیه داروئی بیولوژیک به منظور خود کفایی کشور.

نقش و توانایی

نقش فارغ‌التحصیلان این رشته در جهت فعالیت‌های آموزشی، پژوهشی و خدماتی در زمینه‌های مختلف این رشته از قبیل تولید مواد اولیه داروئی، تولید مواد بیولوژیک، کنترل بیولوژیک داروها، بدست آوردن مواد اولیه بیـولـوژیک جدید از سلـول‌های حیـوانی، قـارچ ها، باکتـری‌ها و سایر میکروارگانیسم‌ها می‌باشد.

شرایط ورود

الف_ داشتن دانشنامه دکتری حرفه‌ای داروسازی

ب _ قبولی در امتحان ورودی پذیرش دستیار دوره بیوتکنولوژی (گرایش داروئی)

امتحان ورودی از دروس زیر انجام خواهد شد :

میکروب شناسی                     ۲۰%

ایمونولوژی                              ۲۰%

بیوشیمی و بیولوژی ملکولی    ۳۰%

بیوتکنولوژی                            ۳۰%

شکل برنامه و  واحدهای درسی

طول مدت مجاز تحصیل در دوره دکتری (Ph.D) رشته بیوتکنولوژی (گرایش داروئی) برای دانشجویان تمام وقت، ۴/۵ سال است که شامل دو مرحله آموزشی و پژوهشی می‌باشد. مرحله آموزشی از زمان پذیرفته شدن دانشجو در امتحان ورودی آغاز می‌شود و دانشجو پس از طی دوره آموزشی و گذراندن امتحان جامع وارد مرحله پژوهشی می‌گردد . طول مدت مجاز مرحله آموزشی ۴ نیمسال است. طول هر نیمسال تحصیلی ۱۷ هفته کامل بوده و حداقل زمان لازم برای هر واحد نظری نیز یک ساعت در هفته می‌باشد. مرحله پژوهشی پس از قبولی داوطلب در امتحان جامع آغاز شده و با تدوین رساله و دفاع از آن پایان می‌پذیرد. دانشجو می‌تواند تحقیقات اولیه مرحله پژوهشی را در مرحله آموزشی آغاز نماید ولی ثبت نام رسمی برای رساله، منوط به موفقیت او در امتحان جامع است. سایر مقررات طبق آخرین آئین نامه آموزشی دوره دکتری (Ph.D) شورای عالی برنامه‌ریزی می‌باشد.

– تعداد واحدهای درسی :

دانشجوئی که برای دکتری (Ph.D) ثبت نام می کند موظف است ۳۰ واحد درسی جدول (الف) را در مدت مجاز دوره با موفقیت بگذراند. تعداد واحدهای رساله در مرحله پژوهشی ۲۰ واحد است و مجموع واحدهای آموزشی و پژوهشی ۵۰ واحد خواهد بود.

ضرورت و اهمیت
بیوتکنولوژی، روش جدید بدست آوردن بسیاری از داروهاست که به سرعت در حال گسترش در تمامی علوم و علی‌الخصوص داروسازی می‌باشد. با توجه به گسترش دانشکده‌های داروسازی در سراسر کشور (۱۰ دانشکده) و تشکیل دوره‌های تخصصی داروسازی و نیاز به متخصصین  رشته  بیوتکنولوژی  (گرایش  داروئی)  برای تدریس  واحدهای  درسی  عمومی  و تخصصی  این  رشته  و همچنین  با  توجه  به
سیاست های دولت جمهوری اسلامی ایران در زمینه خودکفایی در تولید مواد اولیه داروئی و توجه به این واقعیت که در حال حاضر حدود  %۵۰ مواد اولیه داروئی وارداتی کشور محصول مستقیم و یا مشترک بیوتکنولوژی می باشند و تمامی پیش بینی ها نشان دهنده این امر است که در سال ۲۰۱۰، این میزان به حدود ۷۰ % خواهد رسید، دوره دکتری (Ph.D) بیوتکنولوژی (گرایش داروئی) به منظور رفع کمبودها و تأمین نیروی انسانی ماهر برای دانشگاه ها و مراکز تحقیقاتی صنایع داروئی ارائه می گردد.